Hallo,
ich kann dir für die Strecke von Ulm nach Wien den Donauradweg empfehlen, ebenso die dazu vorhandene umfangreiche Literatur, etwa die beiden Donauradwegführer von Bikeline/Esterbauer. Das sind recht zuverlässige Begleiter in der Reisevorbereitung und -Durchführung.
Dass die Bahn und du Probleme miteinander haben könnten, lässt sich deinem Eingangsposting nicht entnehmen, ganz im Gegenteil. Neben der DB-Homepage kann ich dir auch die Webseite der ÖBB empfehlen. Die finde ich etwas benutzerfreundlicher.
Hans