Bezüglich der Meldung kann ich dir nicht weiterhelfen.

Aber ich hab jetzt grad mal schnell Basecamp installiert und es ausprobiert: Nach dem Entfernen des <speed>-Elements können die Tracks tatsächlich problemlos importiert werden. Es erscheint dann keine Fehlermeldung und es stört Basecamp offensichtlich auch nicht, dass im Datei-Header als gpx-Version 1.1 steht. Das <extensions>-Element stört Basecamp ebenfalls nicht. Aber wenn es außer <speed> ohnehin keinen weiteren Inhalt hat, ist es ja nutzlos und kann prinzipiell auch weg.