Nach meiner eigenen schmerzvollen Erfahrung kann das zwei Ursachen haben, auch in Kombination: Schuhe zu eng (zu schmal) und Cleat zu weit hinten. Die zu engen Schuhe drücken den Fuß zusammen und wölben ihn im Extremfall in Längsrichtung auf. Der (das?) zu weit hinten unter der Fußwölbung sitzende Cleat sorgt dafür, dass der Pedaldruck diese Wölbung wieder zusammendrücken will, was wegen der engen Schuhe nicht geht, der Fuß kann sich nicht seitlich ausdehnen und "plattdrücken". Das macht Schmerzen. Mit breiteren Schuhen und einer Cleatposition weiter vorne unter dem Fußballen hat sich das Problem bei mir gelöst.