Ich hab solche "anti-Mief-Einlagen", die polstern so rund drei Millimeter. Das bringt schon was. Die Schmerzen können auch daher kommen, dass Du nun mit Cleats recht viel Druck auf dem Pedal hast. Wenn meine Füße schmerzen, dann hebe ich den hinteren bewusst an beim Pedalieren, das hilft da recht gut. Bei mir zumindest.
Wir sind uns ähnlich.

Ich hab als Steigerung der Anti Meif Einlagen SQ Lab Einlagen in meinen Schuhen, bringen auf jeden Fall mehr Komfort, ob das aber bei den speziellen Spec-Schuhen funzt, weiß ich nicht. Meine Pearl Izumis werden damit jedenfalls erst recht zu Schraubstöcken - was ich aber ansich bei Radschuhen mag. An der harten Sohle liegts bei mir mit Sicherheit nicht, meine Shimano Turnschuhe beschleunigen das Problem enorm. Ich tippe bei den weichen Schuhen auf ein ähnliches Phänomen wie bei Griffen: Punktueller Druck. Evtl. passen die Specialized Schuhe einfach nicht zu Deinem Fuß und drücken Dir einzelne Nervenbahnen ab.
Ziehen und Drücken beim Pedalieren hilft mir jedoch. Es wird ganz deutlich der Druck an der Fußsohle rythmisch vermindert und somit vermutlich der Nerv weniger gereizt.