so,
dann will ich mein Versprechen mal einlösen. Von Basel aus würde ich folgendes machen:
zunächst nach St. Hippolyte (entweder über Delle, Pont-de-Roide oder St. Ursanne), dann das Dessoubre-Tal aufwärts (wenig Verkehr, sehr reizvoll). Weiter über die Hochebenen nach Champagnole und Doucier, anschließend das Ain-Tal inklusive Lac de Vouglans wieder abwärts (auch sehr schön). Der Ain mündet kurz vor Lyon in die Rhône, welche bekanntlich durch Lyon fließt. Bis nach Lyon dürfte es also kein Problem mehr sein.
Natürlich gibt es noch eine ganze Menge Alternativen. Das Valserine-Tal wäre eine davon. An der Mündung der Valserine angekommen müsstest Du aber noch irgendwie nach Westen kommen. So wie ich das deute, hieße das entweder an der Rhône entlang fahren oder eine Menge anderer Täler schneiden (sehr hügelig).
Vielleicht teilst Du uns ja noch etwas zu Deinen Erwartungen usw. mit.
Gruß netbelbo