Da musst Du eher dem Reiseführer die Schuld geben, nicht dem Navi.

Bei "nur" 3 Wochen braucht es einen roten Faden. In wie weit umgeplant werden muss aufgrund von Zeitgründen wird man sehen. Aber nicht gleich am Anfang. Über den Verkehr bilde ich mir lieber mein eigenes Urteil, jeder hat eine andere Wahrnehmung davon.
Berge kommen schon ab Kyoto noch genügend.

90km im Durchschnitt in einem hochkulturellen Land sind schon nicht wenig, wenn schon einige Tage für Osaka, Nara und Kyoto wegfallen.