Ich habe gerade nochmal auf bahn.de nachgeschaut. Dort scheinen wohl auch die Einschränkungen bei der Fahrradmitnahme hinterlegt zu sein und bei Setzen der Option "Fahrradmitnahme" berücksichtigt zu werden. Zumindest für das Elsaß ist das so.
Ein Pferdefuß, auf den man achten muss, sind die TER-Busse, die auf manchen Nebenverbindungen verkehren. Meine Erfahrung ist zwar, dass diese Busse Fahrräder im Gepäckraum mitnehmen, aber eine Garantie dafür gibt es nicht. Ob und wie diese Busse bei der DB berücksichtigt werden, weiss ich nicht. Auf
ter.sncf.com gibt es bei jeder Region auch eine Fahrplanauskunft ("Rechercher un horaire"), bei der man auch überregional suchen kann und wo man auf das gewünschte Verkehrsmittel einschränken kann und somit TER-Busse ausschliessen kann. Aber auch hier muss man aufpassen, da immer wieder mal Verbindungen angezeigt werden, bei denen die spezifizierten Einschränkungen nicht eingehalten werden.